mpirun コマンド直打ち：
time mpirun -np 10 qens_qselected_using_class_fort_mpi_test.py 6203 0000025io 80 1 Boxcar
real 0m5.214s
user 0m43.772s
sys 0m5.316s
qsub で投げるファイル(job_test.sh)の中身：
#$ -cwd
#$ -V -S /bin/bash
#$ -N testqens
#$ -pe x32 32
#$ -q all.q@nova5
#$ -e err-testqens.log
#$ -o std-testqens.log
time mpirun -np 10 qens_qselected_using_class_fort_mpi_test.py 6203 0000025io 80 1 Boxcar
qsub job_test.sh
real 0m29.295s
user 4m40.258s
sys 0m5.609s
シングルジョブの時間とほぼ同じぐらい遅い。
mpirunの場所を明示的に示す：
#$ -cwd
#$ -V -S /bin/bash
#$ -N testqens
#$ -pe x32 32
#$ -q all.q@nova5
#$ -e err-testqens.log
#$ -o std-testqens.log
export PATH=~/miniconda3/bin:$PATH
time mpirun -np 10 qens_qselected_using_class_fort_mpi_test.py 6203 0000025io 80 1 Boxcar
real 0m5.189s
user 0m44.064s
sys 0m5.183s
あるいは、bashrcのconda initializeの部分をコメントアウトし、export PATH="/home/kazu/miniconda3/bin:$PATH"のみ活かす。
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
###__conda_setup="$('/home/kazu/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
###if [ $? -eq 0 ]; then
### eval "$__conda_setup"
###else
### if [ -f "/home/kazu/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
### . "/home/kazu/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
### else
### export PATH="/home/kazu/miniconda3/bin:$PATH"
### fi
###fi
###conda activate
###unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
export PATH="/home/kazu/miniconda3/bin:$PATH"
すると、同様に、
#$ -cwd
#$ -V -S /bin/bash
#$ -N testqens
#$ -pe x32 32
#$ -q all.q@nova5
#$ -e err-testqens.log
#$ -o std-testqens.log
time mpirun -np 10 qens_qselected_using_class_fort_mpi_test.py 6203 0000025io 80 1 Boxcar
real 0m5.294s
user 0m44.960s
sys 0m5.171s
となり、速くなった模様。
もう少し長いジョブでも検証する。
