qsub -pe パラレル環境の名前 n(-)
n-では最小でn個のコアを意味する.すなわち,n個以上のコアを使って計算を行う.
n だと常にn個のコアを使って計算を行う.
コア数が異なるノードが混じっている場合,最低のコア数をxとして,x-と指定してやれば,効率的なはず.(ジョブのコア数による並列効率の違いは除いて)
n-では最小でn個のコアを意味する.すなわち,n個以上のコアを使って計算を行う.
n だと常にn個のコアを使って計算を行う.
コア数が異なるノードが混じっている場合,最低のコア数をxとして,x-と指定してやれば,効率的なはず.(ジョブのコア数による並列効率の違いは除いて)
追記 2018/05/15
OMP_NUM_THREADSを上で指定したコア数いっぱいにしたい場合,
export OMP_NUM_THREADS=$NUM_SLOTS
とジョブスクリプトに書けば良い.
例:cat job.sh
$ -cwd
#$ -V -S /bin/bash
#$ -N jds300k_gp
#$ -pe novaall 32-
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS
phono3py --fc2 --dim="3 3 4" --mesh="10 10 14" -c POSCAR --nac --jdos --ts="300" --gp=" 711 712 713 714 722 723 724 733"